Program Studi Pendidikan Agama Kristen (PAK) dipimpin oleh Ketua dan Sekretaris Jurusan yang memiliki wewenang untuk merencanakan dan mengkoordinasikan penyusunan rencana kegiatan rutin dan rencana pengembangan dalam bidang akademik, yang meliputi aspek, proses pembelajaran, administrasi proses pembelajaran, formasi dosen program studi, serta penelitian dan pengabdian kepada masyarakat yang dilakukan oleh dosen program studi. Secara khusus Ketua Jurusan/Prodi Pendidikan Agama Kristen (PAK) mempunyai tugas, melaksanakan pendidikan, dan pengajaran pada pogram pendidik akademik dan/atau profesional dalam satu bagian atau satu cabang ilmu pengetahuan Agama Kristen, dan menjalankan fungsi: (1) Penyusunan rencana dan program jurusan, (2) Pelaksanaan pendidikan dan pengajaran, pelaksanaan penilaian presentasi dan proses penyelenggaraan kegiatan serta penyusunan laporan, (3) Pelaksanaan kegiatan administrasi.

Sedangkan Sekretaris Jurusan/Prodi Pendidikan Agama Kristen (PAK) berfungsi: (1) Membantu ketua jurusan dalam melaksanakan tugas-tugas yang bersifat teknis, (2) Memimpin pelaksanaa kegiatan akademik dan pembinaan kemahasiswaan di tingkat jurusan, jika ketua jurusan berhalangan hadir (dinas luar, sakit, dll).

Jumlah dosen yang mengajar pada Jurusan/Prodi Pendidikan Agama Kristen (PAK) berjumlah 34 orang yang terdiri atas: 25 dosen tetap jurusan, 9 dosen tidak tetap.

Proses pembelajaran pada Jurusan/Prodi Pendidikan Agama Kristen (PAK) relatif sudah cukup baik sesuai peraturan perundang-undangan yang berlaku, yaitu 14-16 kali pertemuan, termasuk UTS dan UAS. Kehadiran dosen di kelas juga dinilai cukup, hal ini merupakan tuntutan peraturan akademik yang menjelaskan tentang kehadiran dosen harus 80%.

Upaya penjaminan mutu pendidikan dilakukan oleh Unit Penjamin Mutu (UPM), dalam wujud monitoring, evaluasi dan supervisi pendidikan, peelaksanaan sertifikasi dosen, pelaksanaan sertifikasi guru-guru PAK se-Provinsi Papua dan Papua Barat, maupun dalam bentuk lainnya seperti penerimaan mahasiswa baru, maupun dalam proses pendidikan dan pembelajaran. Selain itu baik kurikulum dan metode pengajaran serta sarana dan prasarana selalu ditingatkan dan disesuaikan dengan tujuan jurusan dalam menjalankan pendidikan tinggi dalam bidang PAK termasuk penyediaan fasilitas laboratorium komputer, bahasa, dan studio musik. Hal ini untuk meningkatkan kualitas SDM.