Perjalanan panjang Program Studi Magister Pendidikan Agama Kristen (PS M- PAK) STAKPN Sentani dimulai sejak didirikan secara resmi dan mendapatkan ijin operasional pendirian dari Dirjen Bimas Kristen dengan No. SK: DJ.III/Kep/HK.00.5/467/2012, di mana merupakan suatu upaya yang dilakukan untuk meningkatkan kualitas sumber daya manusia di tanah Papua yang masih jauh tertinggal dengan propinsi-propinsi lain di Indonesia. Upaya peningkatan kualtas SDM ini masih menjadi prioritas utama dalam mengejar ketertinggalan dari berbagai sektor dengan propinsi lainnya. Oleh karenanya, perkembangan keilmuan dan kebutuhan tenaga ahli dengan kompetensi yang lebih tinggi terasa semakin menguat. Minimnya perguruan tinggi di Papua yang memiliki program Pascasarjana mengharuskan tenaga pendidik maupun ahli dalam upaya meningkatkan kompetensinya, harus studi di luar Papua, yang mana dalam sisi pembiayaan membutuhkan biaya yang tidak sedikit. Berdasarkan pada studi kelayakan dan kebutuhan akan pendidikan di tanah Papua, STAKPN melihat peluang ini sebagai kesempatan untuk dapat berperan serta dalam menumbuhkan daya saing bangsa. Hal ini yang menjadi salah satu dasar bagi pendirian Program Pascasarjana terutama PS Magister PAK (S2) yang dilandasi pada kualitas keunggulan akademik.

Saat  ini  Program  Pascasarjana  STAKPN  Sentani  dengan  Prodi  Magister  PAK memiliki   peran   positif   dalam   pembangunan   Papua   khususnya   dalam   memajukan pendidikan, dan kualitas sumber daya manusia di tanah Papua pada khususnya dan di Indonesia pada umumnya. Harapan yang dicanangkan untuk masa kini dan masa depan beserta tantangannya disikapi secara bijaksana, sehingga nilai-nilai universal dari suatu universitas (bebas nilai, non politis, beretika dan memiliki moral yang tinggi) dapat diimplementasikan sesuai dengan kebutuhan dan tuntutan aktual dunia saat ini dan masa yang akan datang. Kondisi tersebut menjadi dasar dibutuhkannya rumusan visi dan misi yang  tepat  untuk  menjadi  acuan  pengembangan  Prodi  Magister  PAK  sebagai  suatu lembaga penyelenggara pendidikan tinggi unggul. Pihak-pihak yang dilibatkan dalam proses perumusan   visi,   misi,   tujuan   sasaran   dan   strategi   diantaranya   perwakilan   dosen, mahasiswa, alumni (Ketua IKAPPS), stakeholder, tenaga kependidikan/pengelola, dengan tujuan agar visi, misi, tujuan, sasaran dan strategi PS Magister PAK menjadi sangat jelas, sangat realistik, sejalan dan terkait satu dengan yang lainnya serta memiliki impact terhadap kebutuhan masyarakat.

Sebagaimana disampaikan oleh Perserikatan Bangsa-Bangsa, saat ini masyarakat dunia sudah berkomitmen untuk menjalankan tujuan global pembangunan berkelanjutan (Sustainable Development Goals /SDGs) dan secara khusus untuk lingkup Papua pembangunan berkelanjutan menuju Papua Unggul. Oleh karena itu kontribusi PS Magister PAK yang tertuang dalam visi dan misi selaras dengan pencapaian tujuan tersebut yaitu, “Terwujudnya Program Studi Magister Pendidikan Agama Kristen (MPAK) yang bermutu untuk menghasilkan cendikiawan Kristen yang beriman, profesional, menguasai IPTEK dan berdaya saing.”