Jurusan Teologi STAKPN  Sentani sebagai sebuah lembaga pendidikan tinggi teologi yang bercorak oikumenis, sesungguhnya menempati posisi yang sangat strategis dalam mempersiapkan, menempa dan menghasilkan tenaga-tenaga pelayan yang handal dengan spiritualitas yang tinggi serta kemampuan berteologi secara operasional yang relevan. Dengan kata lain pengembangan program jurusan teologi dilakukan secara sistemik, yang  dimulai dari visi dan misi.

STAKPN antara lain : Visi STAKPN Sentani  adalah Terwujudnya Cendekiawan Kristen yang beriman, bermoral, dan mampu menjawab tantangan melalui penyelenggaraan Tri Darma Perguruan Tinggi dan Misi STAKPN Sentani adalah : a).Meningkatkan kualitas penyelenggaraan pendidikan tinggi keagamaan. b) Meningkatkan pengembangan lembaga pendidikan tinggi keagamaan Kristen. c) Mengembangkan kurikulum dan pembelajaran pendidikan tinggi keagamaman Kristen. d) Meningkatkan pembinaan dan penyelenggaraan evaluasi  dan supervise kelas pendidikan tinggi keagamaan Kristen. e)Meningkatkan penelitian dan pengembangan pendidikan tinggi keagamaan Kriaten. f).Meningkatkan pengabdian masyarakat sebagai wujud keterpanggilan pendidikan tinggi keagamaan Kristen.